Una caduta nella ghiaia della via di fuga nelle fasi finali delle qualifiche non ha consentito a Valentino Rossi di lottare per la pole position del Gran Premio d'Australia per quanto riguarda la classe MotoGP. Il più veloce è stato Casey Stoner, al suo ottavo centro stagionale in qualifica, che ha girato in 1'28"665.
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L'australiano della Ducati ha preceduto d'un soffio lo spagnolo Jorge Lorenzo (Yamaha), secondo a 69 millesimi, e lo statunitense Nicky Hayden (Honda), terzo a 91 millesimi. Nonostante un ultimo tentativo, Rossi ha concluso solamente dodicesimo. Il neoiridato della classe regina ha riportato, secondo quanto riferito dai medici, una "distorsione del rachide cervicale con indolenzimento dei muscoli del collo". Un trauma modesto che non mette in discussione la partecipazione del pesarese della Yamaha alla corsa di domenica. Meglio di lui hanno fatto il forlivese Andrea Dovizioso (Honda), ottavo miglior tempo, il sammarinese Alex De Angelis (Honda), decimo, e l'imolese Loris Capirossi (Suzuki), undicesimo. Ennesima delusione per il ravennate Marco Melandri (Ducati), diciassettesimo e penultimo.
